1940-ieji atnešė sunkumų Lietuvos mažesniesiems broliams pranciškonams. Iš jų gyvenimo perspektyvos sovietinės okupacijos laikotarpį siūloma skirstyti į keletą etapų. Pirmuoju lūžiniu tašku tapo jau minėti 1940 m., kai prasidėjo represijos prieš aktyviausius brolius ir nebeliko oficialios mažesniųjų brolių vadovybės Lietuvoje. Antrasis etapas žymimas 1948 m., kai oficialiai buvo panaikintos visos Lietuvoje veikusios vienuolijos ir vienuoliai buvo priversti rasti būdų gyvuoti progrindžio sąlygomis arba kitų būdų išgyventi. 1980 m. prasidėjo trečias etapas, kai paskutinis pranciškonas kunigas Lietuvoje mirė ir dviem kunigams buvo suteiktas išimtinis leidimas duoti įžadus vienas kitam. Oficialų išėjimą iš pogrindžio – žymintį ketvirtą etapą – vainikuoja 1989 m. lapkričio 19 d. Kretingoje švenčiamos šv. Mišios. Nors provincijos kurija Kretingoje atkurta 1997 m., sąlyginis atsigavimo užbaigimo taškas yra 2004 m. gruodžio 8 d. Mažesniųjų brolių pranciškonų Generalinio ministro dekretas, skelbiantis nepriklausomą ir visateisę Lietuvos Šv. Kazimiero mažesniųjų brolių provinciją.