Audito metodologija plačiai nagrinėjama tiek užsienio, tiek Lietuvos autorių mokslinėje literatūroje, tačiau išsamių studijų, kuriose būtų sistemingai analizuojamos visos šiuo metu naudojamos audito rūšys, nėra daug. Kokybės audito metodologija taip pat nėra pilnai išnagrinėta ir aiškiai susisteminta. Nagrinėjant audito koncepcijas sunku vienareikšmiškai nustatyti, kuriam audito tipui – veiklos ar valdymo yra priskirtinas kokybės auditas. Atlikta mokslinės literatūros analizė atskleidė, kad visoje audito sistemoje kokybės auditą galima identifikuoti kaip veiklos audito sudedamąją dalį. Straipsnyje, remiantis teorinės literatūros sistemine analize ir kokybės auditorių bei ekspertų anketinės apklausos rezultatais, suformuotas audito sistemos pagal funkcinį požymį modelis, identifikuoti kokybės audito atlikimo būdų privalumai ir trūkumai bei pateiktos kokybės audito metodologijos tobulinimo rekomendacijos.